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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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1. FC Union Berlin | 12 | 8 | 4 | 0 | 22:6 | 16 | 28 |
| 2 |
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SpVgg Unterhaching | 11 | 8 | 2 | 1 | 17:6 | 11 | 26 |
| 3 |
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Kickers Offenbach | 12 | 7 | 4 | 1 | 21:8 | 13 | 25 |
| 4 |
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Fortuna Düsseldorf | 11 | 7 | 3 | 1 | 20:10 | 10 | 24 |
| 5 |
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Rot-Weiß Erfurt | 11 | 7 | 2 | 2 | 20:10 | 10 | 23 |
| 6 |
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SC Paderborn 07 | 11 | 6 | 3 | 2 | 17:7 | 10 | 21 |
| 7 |
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Kickers Emden | 11 | 6 | 3 | 2 | 19:11 | 8 | 21 |
| 8 |
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SV Sandhausen | 11 | 6 | 2 | 3 | 21:10 | 11 | 20 |
| 9 |
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Bayern München II | 11 | 5 | 5 | 1 | 15:10 | 5 | 20 |
| 10 |
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Eintracht Braunschweig | 12 | 5 | 4 | 3 | 19:12 | 7 | 19 |
| 11 |
|
VfB Stuttgart II | 12 | 5 | 3 | 4 | 17:12 | 5 | 18 |
| 12 |
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VfR Aalen | 12 | 3 | 7 | 2 | 10:8 | 2 | 16 |
| 13 |
|
Dynamo Dresden | 12 | 4 | 4 | 4 | 15:16 | -1 | 16 |
| 14 |
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Erzgebirge Aue | 11 | 4 | 3 | 4 | 12:10 | 2 | 15 |
| 15 |
|
Werder Bremen II | 12 | 4 | 3 | 5 | 22:21 | 1 | 15 |
| 16 |
|
Wacker Burghausen | 12 | 4 | 3 | 5 | 15:18 | -3 | 15 |
| 17 |
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Wuppertaler SV | 12 | 4 | 3 | 5 | 16:21 | -5 | 15 |
| 18 |
|
FC Carl Zeiss Jena | 12 | 3 | 6 | 3 | 14:19 | -5 | 15 |
| 19 |
|
Stuttgarter Kickers | 11 | 3 | 4 | 4 | 15:19 | -4 | 13 |
| 20 |
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Jahn Regensburg | 11 | 3 | 3 | 5 | 9:17 | -8 | 12 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Den Stuttgarter Kickers wurden drei Punkte wegen eines nicht fristgerecht zurückgezahlten Darlehens aus dem DFB-Kautionsfond abgezogen. # Kickers Emden hat die Lizenz für die Saison 2009/2010 zurückgezogen und steht somit als Absteiger fest. Infolgedessen hat Wacker Burghausen die Klasse gehalten. |
