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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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SC Paderborn 07 | 38 | 19 | 14 | 5 | 38:13 | 25 | 71 |
| 2 |
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Hansa Rostock | 38 | 16 | 15 | 7 | 23:11 | 12 | 63 |
| 3 |
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1. FC Magdeburg | 38 | 15 | 17 | 6 | 40:17 | 23 | 62 |
| 4 |
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SV Wehen Wiesbaden | 38 | 15 | 15 | 8 | 33:15 | 18 | 60 |
| 5 |
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Karlsruher SC | 38 | 14 | 18 | 6 | 21:13 | 8 | 60 |
| 6 |
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SV Meppen | 38 | 16 | 11 | 11 | 23:17 | 6 | 59 |
| 7 |
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Preußen Münster | 38 | 13 | 12 | 13 | 24:25 | -1 | 51 |
| 8 |
|
Würzburger Kickers | 38 | 12 | 14 | 12 | 17:20 | -3 | 50 |
| 9 |
|
FC Carl Zeiss Jena | 38 | 10 | 20 | 8 | 21:25 | -4 | 50 |
| 10 |
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Fortuna Köln | 38 | 10 | 18 | 10 | 25:24 | 1 | 48 |
| 11 |
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Werder Bremen II | 38 | 10 | 18 | 10 | 19:24 | -5 | 48 |
| 12 |
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SpVgg Unterhaching | 38 | 11 | 14 | 13 | 25:24 | 1 | 47 |
| 13 |
|
VfR Aalen | 38 | 10 | 16 | 12 | 21:23 | -2 | 46 |
| 14 |
|
Hallescher FC | 38 | 10 | 14 | 14 | 23:25 | -2 | 44 |
| 15 |
|
FSV Zwickau | 38 | 10 | 14 | 14 | 20:27 | -7 | 44 |
| 16 |
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SG Sonnenhof Großaspach | 38 | 9 | 15 | 14 | 24:33 | -9 | 42 |
| 17 |
|
Chemnitzer FC | 38 | 9 | 15 | 14 | 22:32 | -10 | 42 |
| 18 |
|
VfL Osnabrück | 38 | 10 | 12 | 16 | 21:31 | -10 | 42 |
| 19 |
|
Sportfreunde Lotte | 38 | 6 | 16 | 16 | 19:31 | -12 | 34 |
| 20 |
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Rot-Weiß Erfurt | 38 | 2 | 18 | 18 | 10:39 | -29 | 24 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Rot-Weiß Erfurt wurde nach Eröffnung des Insolvenzverfahrens mit einem Abzug von neun Punkten belegt. Ein weiterer Punkt wurde RWE wegen eines Verstoßes gegen Zulassungsauflagen abgezogen. # Der Chemnitzer FC wurde nach Eröffnung des Insolvenzverfahrens mit einem Abzug von neun Punkten belegt. |
