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| 24.04.1999 | 13:00 | FK Žalgiris B | - | FK Dainava Alytus | 4:2 | |
| 15:00 | FK Kareda Siauliai | - | FK Nevėžis | 2:0 | ||
| 15:00 | FK Banga Gargždai | - | Kauno Jegeriai | 1:2 | ||
| 15:00 | FK Atlantas | - | FK Ekranas | 1:1 | ||
| 15:30 | Lokomotyvas Kaunas | - | FK Zalgiris | 0:1 | ||
| 25.04.1999 | 14:00 | FBK Kaunas | - | Inkaras Kaunas | 4:2 |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
FK Zalgiris | 16 | 13 | 3 | 0 | 57:6 | 51 | 44 |
| 2 |
|
FBK Kaunas | 16 | 14 | 2 | 0 | 44:7 | 37 | 44 |
| 3 |
|
FK Kareda Siauliai | 16 | 13 | 3 | 0 | 49:7 | 42 | 42 |
| 4 |
|
FK Ekranas | 16 | 8 | 4 | 4 | 33:15 | 18 | 27 |
| 5 |
|
Inkaras Kaunas | 16 | 7 | 3 | 6 | 22:18 | 4 | 24 |
| 6 |
|
FK Atlantas | 16 | 6 | 3 | 7 | 24:22 | 2 | 21 |
| 7 |
|
FK Nevėžis | 16 | 5 | 3 | 8 | 13:27 | -14 | 18 |
| 8 |
|
FK Dainava Alytus | 16 | 5 | 1 | 10 | 17:41 | -24 | 16 |
| 9 |
|
FK Žalgiris B | 16 | 5 | 0 | 11 | 15:46 | -31 | 15 |
| 10 |
|
Kauno Jegeriai | 16 | 4 | 2 | 10 | 12:34 | -22 | 14 |
| 11 |
|
FK Banga Gargždai | 16 | 3 | 4 | 9 | 10:23 | -13 | 13 |
| 12 |
|
Lokomotyvas Kaunas | 16 | 4 | 0 | 12 | 10:24 | -14 | 12 |
| 13 |
|
Mastis Telšiai | 12 | 1 | 0 | 11 | 4:40 | -36 | 3 |
| 14 |
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FK Panerys | 0 | 0 | 0 | 0 | 0:0 | 0 | 0 |
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# Ekranas - Zalgiris (26.05.1999) wurde mit 0:0 zugunsten von Zalgiris gewertet, wobei Zalgiris die drei Punkte zugesporechen wurden (ursprünglich 1:0 für Ekranas) # Nach dem 6. Spieltag zog Panerys Vilnius sein Team zurück. Alle Partien wurden annulliert. # Nach dem 13. Spieltag zog Mastis Telsiai seine Mannschaft zurück. Alle bis dahin gespielten Partien behielten ihre Gültigkeit. |
