# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 FK Zalgiris, Litauen FK Zalgiris 16 13 3 0 57:6 51 44
2 FBK Kaunas, Litauen FBK Kaunas 16 14 2 0 44:7 37 44
3 FK Kareda Siauliai, Litauen FK Kareda Siauliai 16 13 3 0 49:7 42 42
4 FK Ekranas, Litauen FK Ekranas 16 8 4 4 33:15 18 27
5 Inkaras Kaunas, Litauen Inkaras Kaunas 16 7 3 6 22:18 4 24
6 FK Atlantas, Litauen FK Atlantas 16 6 3 7 24:22 2 21
7 FK Nevėžis, Litauen FK Nevėžis 16 5 3 8 13:27 -14 18
8 FK Dainava Alytus, Litauen FK Dainava Alytus 16 5 1 10 17:41 -24 16
9 FK Žalgiris B, Litauen FK Žalgiris B 16 5 0 11 15:46 -31 15
10 Kauno Jegeriai, Litauen Kauno Jegeriai 16 4 2 10 12:34 -22 14
11 FK Banga Gargzdai, Litauen FK Banga Gargzdai 16 3 4 9 10:23 -13 13
12 Lokomotyvas Kaunas, Litauen Lokomotyvas Kaunas 16 4 0 12 10:24 -14 12
13 Mastis Telšiai, Litauen Mastis Telšiai 12 1 0 11 4:40 -36 3
14 FK Panerys Vilnius, Litauen FK Panerys Vilnius 0 0 0 0 0:0 0 0

# Ekranas - Zalgiris (26.05.1999) wurde mit 0:0 zugunsten von Zalgiris gewertet, wobei Zalgiris die drei Punkte zugesporechen wurden (ursprünglich 1:0 für Ekranas)

# Nach dem 6. Spieltag zog Panerys Vilnius sein Team zurück. Alle Partien wurden annulliert.

# Nach dem 13. Spieltag zog Mastis Telsiai seine Mannschaft zurück. Alle bis dahin gespielten Partien behielten ihre Gültigkeit.

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