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| 17.04.1999 | 13:00 | FBK Kaunas | - | Kauno Jegeriai | 3:0 | |
| 15:00 | FK Nevėžis | - | FK Zalgiris | 1:1 | ||
| 15:00 | FK Kareda Siauliai | - | FK Žalgiris B | 3:1 | ||
| 15:00 | FK Dainava Alytus | - | FK Banga Gargždai | 0:0 | ||
| 15:30 | Inkaras Kaunas | - | FK Atlantas | 2:1 | ||
| 18.04.1999 | 14:00 | FK Ekranas | - | Lokomotyvas Kaunas | 2:1 |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
FK Zalgiris | 15 | 12 | 3 | 0 | 56:6 | 50 | 41 |
| 2 |
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FBK Kaunas | 15 | 13 | 2 | 0 | 40:5 | 35 | 41 |
| 3 |
|
FK Kareda Siauliai | 15 | 12 | 3 | 0 | 47:7 | 40 | 39 |
| 4 |
|
FK Ekranas | 15 | 8 | 3 | 4 | 32:14 | 18 | 26 |
| 5 |
|
Inkaras Kaunas | 15 | 7 | 3 | 5 | 20:14 | 6 | 24 |
| 6 |
|
FK Atlantas | 15 | 6 | 2 | 7 | 23:21 | 2 | 20 |
| 7 |
|
FK Nevėžis | 15 | 5 | 3 | 7 | 13:25 | -12 | 18 |
| 8 |
|
FK Dainava Alytus | 15 | 5 | 1 | 9 | 15:37 | -22 | 16 |
| 9 |
|
FK Banga Gargždai | 15 | 3 | 4 | 8 | 9:21 | -12 | 13 |
| 10 |
|
Lokomotyvas Kaunas | 15 | 4 | 0 | 11 | 10:23 | -13 | 12 |
| 11 |
|
FK Žalgiris B | 15 | 4 | 0 | 11 | 11:44 | -33 | 12 |
| 12 |
|
Kauno Jegeriai | 15 | 3 | 2 | 10 | 10:33 | -23 | 11 |
| 13 |
|
Mastis Telšiai | 12 | 1 | 0 | 11 | 4:40 | -36 | 3 |
| 14 |
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FK Panerys | 0 | 0 | 0 | 0 | 0:0 | 0 | 0 |
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# Ekranas - Zalgiris (26.05.1999) wurde mit 0:0 zugunsten von Zalgiris gewertet, wobei Zalgiris die drei Punkte zugesporechen wurden (ursprünglich 1:0 für Ekranas) # Nach dem 6. Spieltag zog Panerys Vilnius sein Team zurück. Alle Partien wurden annulliert. # Nach dem 13. Spieltag zog Mastis Telsiai seine Mannschaft zurück. Alle bis dahin gespielten Partien behielten ihre Gültigkeit. |
