# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 FK Kareda Siauliai, Litauen FK Kareda Siauliai 20 17 3 0 64:8 56 54
2 FBK Kaunas, Litauen FBK Kaunas 20 16 3 1 48:11 37 51
3 FK Zalgiris, Litauen FK Zalgiris 20 14 6 0 61:8 53 50
4 FK Ekranas, Litauen FK Ekranas 20 10 5 5 39:18 21 34
5 Inkaras Kaunas, Litauen Inkaras Kaunas 20 8 4 8 28:25 3 28
6 FK Dainava Alytus, Litauen FK Dainava Alytus 20 8 1 11 22:43 -21 25
7 FK Banga Gargzdai, Litauen FK Banga Gargzdai 20 6 5 9 16:25 -9 23
8 FK Nevėžis, Litauen FK Nevėžis 20 6 4 10 16:31 -15 22
9 FK Atlantas, Litauen FK Atlantas 20 6 3 11 25:30 -5 21
10 FK Žalgiris B, Litauen FK Žalgiris B 20 6 2 12 21:51 -30 20
11 Kauno Jegeriai, Litauen Kauno Jegeriai 20 5 2 13 18:44 -26 17
12 Lokomotyvas Kaunas, Litauen Lokomotyvas Kaunas 20 4 0 16 10:38 -28 12
13 Mastis Telšiai, Litauen Mastis Telšiai 12 1 0 11 4:40 -36 3
14 FK Panerys Vilnius, Litauen FK Panerys Vilnius 0 0 0 0 0:0 0 0

# Ekranas - Zalgiris (26.05.1999) wurde mit 0:0 zugunsten von Zalgiris gewertet, wobei Zalgiris die drei Punkte zugesporechen wurden (ursprünglich 1:0 für Ekranas)

# Nach dem 6. Spieltag zog Panerys Vilnius sein Team zurück. Alle Partien wurden annulliert.

# Nach dem 13. Spieltag zog Mastis Telsiai seine Mannschaft zurück. Alle bis dahin gespielten Partien behielten ihre Gültigkeit.

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