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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Bayern München II | 20 | 13 | 3 | 4 | 23:7 | 16 | 42 |
| 2 |
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VfB Eichstätt | 20 | 9 | 8 | 3 | 15:5 | 10 | 35 |
| 3 |
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1. FC Schweinfurt 05 | 20 | 9 | 7 | 4 | 19:11 | 8 | 34 |
| 4 |
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1. FC Nürnberg II | 20 | 7 | 10 | 3 | 10:5 | 5 | 31 |
| 5 |
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SpVgg Bayreuth | 20 | 8 | 7 | 5 | 11:8 | 3 | 31 |
| 6 |
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FC Memmingen | 20 | 8 | 6 | 6 | 17:16 | 1 | 30 |
| 7 |
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Wacker Burghausen | 20 | 8 | 5 | 7 | 15:12 | 3 | 29 |
| 8 |
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SpVgg Greuther Fürth II | 20 | 6 | 8 | 6 | 13:11 | 2 | 26 |
| 9 |
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FC Augsburg II | 20 | 6 | 6 | 8 | 13:15 | -2 | 24 |
| 10 |
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FC Ingolstadt 04 II | 20 | 6 | 6 | 8 | 10:14 | -4 | 24 |
| 11 |
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SV Schalding-Heining | 20 | 4 | 11 | 5 | 9:12 | -3 | 23 |
| 12 |
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VfR Garching | 20 | 4 | 11 | 5 | 12:16 | -4 | 23 |
| 13 |
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Viktoria Aschaffenburg | 20 | 5 | 7 | 8 | 11:14 | -3 | 22 |
| 14 |
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TSV 1860 Rosenheim | 20 | 4 | 9 | 7 | 8:9 | -1 | 21 |
| 15 |
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FV Illertissen | 20 | 5 | 6 | 9 | 14:23 | -9 | 21 |
| 16 |
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FC Pipinsried | 20 | 6 | 3 | 11 | 12:22 | -10 | 21 |
| 17 |
|
SV Heimstetten | 20 | 4 | 8 | 8 | 11:18 | -7 | 20 |
| 18 |
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TSV Buchbach | 20 | 3 | 9 | 8 | 9:14 | -5 | 18 |
| Playoffs | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Durch den Abstieg der Profimannschaft des FC Ingolstadt 04 in die 3. Liga wurde der FC Ingolstadt 04 II mit 0 Punkten an das Ende der Tabelle gesetzt. Die erspielten Ergebnisse behalten aber ihre Gültigkeit. Das Team lag am Ende der Saison eigentlich mit 45 Punkten auf dem neunten Tabellenplatz. |
