# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 Bayern München II, Deutschland Bayern München II 20 11 7 2 22:8 14 40
2 VfB Eichstätt, Deutschland VfB Eichstätt 20 10 5 5 24:17 7 35
3 TSV Buchbach, Deutschland TSV Buchbach 20 9 6 5 25:15 10 33
4 FC Memmingen, Deutschland FC Memmingen 20 8 7 5 20:15 5 31
5 1. FC Schweinfurt 05, Deutschland 1. FC Schweinfurt 05 20 8 7 5 19:17 2 31
6 FC Pipinsried, Deutschland FC Pipinsried 20 9 4 7 18:20 -2 31
7 1. FC Nürnberg II, Deutschland 1. FC Nürnberg II 20 7 8 5 16:12 4 29
8 SV Schalding-Heining, Deutschland SV Schalding-Heining 20 6 10 4 15:12 3 28
9 Wacker Burghausen, Deutschland Wacker Burghausen 20 6 8 6 13:10 3 26
10 Viktoria Aschaffenburg, Deutschland Viktoria Aschaffenburg 20 6 7 7 18:16 2 25
11 VfR Garching, Deutschland VfR Garching 20 6 7 7 13:17 -4 25
12 FC Ingolstadt 04 II, Deutschland FC Ingolstadt 04 II 20 6 6 8 15:16 -1 24
13 FV Illertissen, Deutschland FV Illertissen 20 5 9 6 13:15 -2 24
14 SpVgg Bayreuth, Deutschland SpVgg Bayreuth 20 6 5 9 15:19 -4 23
15 SpVgg Greuther Fürth II, Deutschland SpVgg Greuther Fürth II 20 5 5 10 12:15 -3 20
16 SV Heimstetten, Deutschland SV Heimstetten 20 5 4 11 17:27 -10 19
17 TSV 1860 Rosenheim, Deutschland TSV 1860 Rosenheim 20 4 7 9 10:26 -16 19
18 FC Augsburg II, Deutschland FC Augsburg II 20 2 10 8 10:18 -8 16
  Playoffs
  Relegation
  Abstieg

# Durch den Abstieg der Profimannschaft des FC Ingolstadt 04 in die 3. Liga wurde der FC Ingolstadt 04 II mit 0 Punkten an das Ende der Tabelle gesetzt. Die erspielten Ergebnisse behalten aber ihre Gültigkeit. Das Team lag am Ende der Saison eigentlich mit 45 Punkten auf dem neunten Tabellenplatz.

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