# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 Bayern München II, Deutschland Bayern München II 21 11 8 2 23:9 14 41
2 TSV Buchbach, Deutschland TSV Buchbach 21 10 6 5 27:15 12 36
3 VfB Eichstätt, Deutschland VfB Eichstätt 21 10 5 6 24:18 6 35
4 1. FC Schweinfurt 05, Deutschland 1. FC Schweinfurt 05 21 8 8 5 19:17 2 32
5 FC Pipinsried, Deutschland FC Pipinsried 21 9 5 7 19:21 -2 32
6 FC Memmingen, Deutschland FC Memmingen 21 8 7 6 20:16 4 31
7 SV Schalding-Heining, Deutschland SV Schalding-Heining 21 7 10 4 16:12 4 31
8 1. FC Nürnberg II, Deutschland 1. FC Nürnberg II 21 7 8 6 16:13 3 29
9 FC Ingolstadt 04 II, Deutschland FC Ingolstadt 04 II 21 7 6 8 16:16 0 27
10 FV Illertissen, Deutschland FV Illertissen 21 6 9 6 14:15 -1 27
11 Wacker Burghausen, Deutschland Wacker Burghausen 21 6 8 7 13:11 2 26
12 VfR Garching, Deutschland VfR Garching 21 6 8 7 13:17 -4 26
13 Viktoria Aschaffenburg, Deutschland Viktoria Aschaffenburg 21 6 7 8 20:19 1 25
14 SpVgg Greuther Fürth II, Deutschland SpVgg Greuther Fürth II 21 6 5 10 13:15 -2 23
15 SpVgg Bayreuth, Deutschland SpVgg Bayreuth 21 6 5 10 15:20 -5 23
16 SV Heimstetten, Deutschland SV Heimstetten 21 6 4 11 20:29 -9 22
17 FC Augsburg II, Deutschland FC Augsburg II 21 3 10 8 11:18 -7 19
18 TSV 1860 Rosenheim, Deutschland TSV 1860 Rosenheim 21 4 7 10 10:28 -18 19
  Playoffs
  Relegation
  Abstieg

# Durch den Abstieg der Profimannschaft des FC Ingolstadt 04 in die 3. Liga wurde der FC Ingolstadt 04 II mit 0 Punkten an das Ende der Tabelle gesetzt. Die erspielten Ergebnisse behalten aber ihre Gültigkeit. Das Team lag am Ende der Saison eigentlich mit 45 Punkten auf dem neunten Tabellenplatz.

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