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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Bayern München II | 28 | 16 | 7 | 5 | 31:11 | 20 | 55 |
| 2 |
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VfB Eichstätt | 28 | 13 | 11 | 4 | 23:10 | 13 | 50 |
| 3 |
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1. FC Schweinfurt 05 | 28 | 13 | 10 | 5 | 23:12 | 11 | 49 |
| 4 |
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SpVgg Bayreuth | 28 | 12 | 10 | 6 | 21:13 | 8 | 46 |
| 5 |
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1. FC Nürnberg II | 28 | 11 | 12 | 5 | 18:10 | 8 | 45 |
| 6 |
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FC Memmingen | 28 | 12 | 8 | 8 | 25:19 | 6 | 44 |
| 7 |
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SpVgg Greuther Fürth II | 28 | 9 | 10 | 9 | 18:16 | 2 | 37 |
| 8 |
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Wacker Burghausen | 28 | 9 | 9 | 10 | 17:18 | -1 | 36 |
| 9 |
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FC Ingolstadt 04 II | 28 | 9 | 8 | 11 | 16:20 | -4 | 35 |
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VfR Garching | 28 | 7 | 14 | 7 | 16:20 | -4 | 35 | |
| 11 |
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FV Illertissen | 28 | 8 | 9 | 11 | 21:29 | -8 | 33 |
| 12 |
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FC Augsburg II | 28 | 7 | 9 | 12 | 16:21 | -5 | 30 |
| 13 |
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SV Heimstetten | 28 | 6 | 12 | 10 | 13:21 | -8 | 30 |
| 14 |
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FC Pipinsried | 28 | 8 | 6 | 14 | 17:29 | -12 | 30 |
| 15 |
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TSV 1860 Rosenheim | 28 | 5 | 14 | 9 | 12:14 | -2 | 29 |
| 16 |
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SV Schalding-Heining | 28 | 4 | 16 | 8 | 10:18 | -8 | 28 |
| 17 |
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TSV Buchbach | 28 | 4 | 13 | 11 | 11:18 | -7 | 25 |
| 18 |
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Viktoria Aschaffenburg | 28 | 5 | 10 | 13 | 13:22 | -9 | 25 |
| Playoffs | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Durch den Abstieg der Profimannschaft des FC Ingolstadt 04 in die 3. Liga wurde der FC Ingolstadt 04 II mit 0 Punkten an das Ende der Tabelle gesetzt. Die erspielten Ergebnisse behalten aber ihre Gültigkeit. Das Team lag am Ende der Saison eigentlich mit 45 Punkten auf dem neunten Tabellenplatz. |
