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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Bayern München II | 14 | 9 | 3 | 2 | 30:14 | 16 | 30 |
| 2 |
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VfB Eichstätt | 14 | 9 | 3 | 2 | 30:15 | 15 | 30 |
| 3 |
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1. FC Schweinfurt 05 | 14 | 8 | 3 | 3 | 26:12 | 14 | 27 |
| 4 |
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1. FC Nürnberg II | 14 | 8 | 3 | 3 | 27:14 | 13 | 27 |
| 5 |
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SpVgg Bayreuth | 15 | 6 | 4 | 5 | 18:15 | 3 | 22 |
| 6 |
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FV Illertissen | 14 | 6 | 3 | 5 | 26:24 | 2 | 21 |
| 7 |
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FC Ingolstadt 04 II | 14 | 6 | 3 | 5 | 20:20 | 0 | 21 |
| 8 |
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FC Memmingen | 14 | 5 | 5 | 4 | 23:20 | 3 | 20 |
| 9 |
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VfR Garching | 15 | 5 | 5 | 5 | 20:19 | 1 | 20 |
| 10 |
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Wacker Burghausen | 13 | 5 | 3 | 5 | 16:16 | 0 | 18 |
| 11 |
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Viktoria Aschaffenburg | 14 | 5 | 2 | 7 | 19:21 | -2 | 17 |
| 12 |
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SpVgg Greuther Fürth II | 13 | 5 | 1 | 7 | 19:16 | 3 | 16 |
| 13 |
|
TSV Buchbach | 14 | 4 | 3 | 7 | 20:23 | -3 | 15 |
| 14 |
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FC Pipinsried | 14 | 2 | 6 | 6 | 24:29 | -5 | 12 |
| 15 |
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FC Augsburg II | 14 | 3 | 3 | 8 | 15:23 | -8 | 12 |
| 16 |
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SV Heimstetten | 14 | 3 | 3 | 8 | 18:28 | -10 | 12 |
| 17 |
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TSV 1860 Rosenheim | 14 | 2 | 5 | 7 | 16:26 | -10 | 11 |
| 18 |
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SV Schalding-Heining | 14 | 2 | 4 | 8 | 12:25 | -13 | 10 |
| Playoffs | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Durch den Abstieg der Profimannschaft des FC Ingolstadt 04 in die 3. Liga wurde der FC Ingolstadt 04 II mit 0 Punkten an das Ende der Tabelle gesetzt. Die erspielten Ergebnisse behalten aber ihre Gültigkeit. Das Team lag am Ende der Saison eigentlich mit 45 Punkten auf dem neunten Tabellenplatz. |
