# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 FC Schaffhausen, Schweiz FC Schaffhausen 21 10 8 3 28:19 9 62
2 FC Chiasso, Schweiz FC Chiasso 21 11 4 6 28:19 9 61
3 FC Vaduz, Liechtenstein FC Vaduz 21 11 5 5 39:20 19 60
4 FC Wohlen, Schweiz FC Wohlen 21 8 10 3 30:24 6 56
5 FC Malcantone, Schweiz FC Malcantone 21 10 5 6 35:29 6 53
6 FC Luzern, Schweiz FC Luzern 21 9 7 5 30:21 9 52
7 Yverdon Sport FC, Schweiz Yverdon Sport FC 21 7 7 7 34:27 7 52
8 FC Concordia Basel, Schweiz FC Concordia Basel 21 11 3 7 35:31 4 50
9 SC Kriens, Schweiz SC Kriens 21 9 5 7 25:24 1 50
10 AC Bellinzona, Schweiz AC Bellinzona 21 8 2 11 27:39 -12 40
11 FC Bulle, Schweiz FC Bulle 21 5 7 9 25:33 -8 34
12 FC Sion, Schweiz FC Sion 5 4 1 0 11:2 9 33
13 FC Meyrin, Schweiz FC Meyrin 19 4 7 8 23:31 -8 29
14 FC Baden, Schweiz FC Baden 21 5 4 12 26:39 -13 29
15 FC Winterthur, Schweiz FC Winterthur 19 4 3 12 21:30 -9 25
16 SR Delémont, Schweiz SR Delémont 20 5 5 10 27:38 -11 24
17 FC La Chaux-de-Fonds, Schweiz FC La Chaux-de-Fonds 21 4 3 14 15:33 -18 23
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg

# Der FC Sion stieg erst am 29. Oktober 2003 in die Challenge League ein. Die Nachtragsspiele werden mit Spieltag 35 geführt. Zusätzlich wurden zu den 30 regulären Runden einige Extra-Spieltage (31-34) eingeführt.

# Die Saison 2003/2004 in der Schweizer Challenge League wurde mit einem besonderen Modus gespielt. Zwei Klubs spielten innerhalb einer Woche gegeneinander, der Sieger des direkten Duells erhielt dafür zwei Extrapunkte. Nach einer Saison wurde dieses System wieder abgeschafft.

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