# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 FC Chiasso, Schweiz FC Chiasso 22 12 4 6 32:19 13 64
2 FC Schaffhausen, Schweiz FC Schaffhausen 22 10 9 3 29:20 9 63
3 FC Vaduz, Liechtenstein FC Vaduz 22 11 6 5 41:22 19 61
4 FC Wohlen, Schweiz FC Wohlen 22 8 11 3 32:26 6 57
5 Yverdon Sport FC, Schweiz Yverdon Sport FC 22 8 7 7 39:28 11 55
6 FC Malcantone, Schweiz FC Malcantone 22 10 6 6 36:30 6 54
7 FC Concordia Basel, Schweiz FC Concordia Basel 22 12 3 7 40:32 8 53
8 SC Kriens, Schweiz SC Kriens 22 10 5 7 27:25 2 53
9 FC Luzern, Schweiz FC Luzern 22 9 7 6 31:26 5 52
10 AC Bellinzona, Schweiz AC Bellinzona 22 8 2 12 28:41 -13 40
11 FC Sion, Schweiz FC Sion 6 4 2 0 12:3 9 34
12 FC Bulle, Schweiz FC Bulle 22 5 7 10 26:38 -12 34
13 FC Baden, Schweiz FC Baden 22 6 4 12 27:39 -12 32
14 FC Meyrin, Schweiz FC Meyrin 20 4 7 9 23:35 -12 29
15 FC Winterthur, Schweiz FC Winterthur 20 4 3 13 21:31 -10 25
16 SR Delémont, Schweiz SR Delémont 20 5 5 10 27:38 -11 24
17 FC La Chaux-de-Fonds, Schweiz FC La Chaux-de-Fonds 22 4 4 14 16:34 -18 24
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg

# Der FC Sion stieg erst am 29. Oktober 2003 in die Challenge League ein. Die Nachtragsspiele werden mit Spieltag 35 geführt. Zusätzlich wurden zu den 30 regulären Runden einige Extra-Spieltage (31-34) eingeführt.

# Die Saison 2003/2004 in der Schweizer Challenge League wurde mit einem besonderen Modus gespielt. Zwei Klubs spielten innerhalb einer Woche gegeneinander, der Sieger des direkten Duells erhielt dafür zwei Extrapunkte. Nach einer Saison wurde dieses System wieder abgeschafft.

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