# Mannschaft Sp. S. U. N. Tore Dif. Pk.
1 SC Paderborn 07, Deutschland SC Paderborn 07 8 4 2 2 10:7 3 14
2 Hertha BSC, Deutschland Hertha BSC 7 3 3 1 15:9 6 12
3 Eintracht Braunschweig, Deutschland Eintracht Braunschweig 6 3 3 0 9:3 6 12
4 1. FC Kaiserslautern, Deutschland 1. FC Kaiserslautern 6 3 3 0 12:8 4 12
5 FC Ingolstadt 04, Deutschland FC Ingolstadt 04 7 3 3 1 8:6 2 12
6 VfR Aalen, Deutschland VfR Aalen 7 3 1 3 6:6 0 10
7 Energie Cottbus, Deutschland Energie Cottbus 7 2 3 2 8:9 -1 9
8 TSV 1860 München, Deutschland TSV 1860 München 7 2 3 2 5:6 -1 9
9 1. FC Köln, Deutschland 1. FC Köln 7 3 0 4 8:10 -2 9
10 FSV Frankfurt, Deutschland FSV Frankfurt 8 2 2 4 9:12 -3 8
11 1. FC Union Berlin, Deutschland 1. FC Union Berlin 7 1 4 2 12:13 -1 7
12 MSV Duisburg, Deutschland MSV Duisburg 7 2 1 4 4:10 -6 7
13 FC St. Pauli, Deutschland FC St. Pauli 8 1 3 4 4:9 -5 6
14 Dynamo Dresden, Deutschland Dynamo Dresden 7 1 2 4 8:11 -3 5
15 VfL Bochum, Deutschland VfL Bochum 6 1 2 3 3:14 -11 5
16 Jahn Regensburg, Deutschland Jahn Regensburg 7 1 0 6 7:15 -8 3
17 Erzgebirge Aue, Deutschland Erzgebirge Aue 7 0 1 6 4:16 -12 1
18 SV Sandhausen, Deutschland SV Sandhausen 7 0 1 6 6:20 -14 1
  Aufstieg
  Relegation
  Abstieg
  Relegation
  Abstieg

# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga.

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