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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Eintracht Braunschweig | 8 | 7 | 1 | 0 | 16:3 | 13 | 22 |
| 2 |
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Hertha BSC | 7 | 5 | 2 | 0 | 11:3 | 8 | 17 |
| 3 |
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Energie Cottbus | 7 | 5 | 1 | 1 | 12:4 | 8 | 16 |
| 4 |
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1. FC Kaiserslautern | 8 | 4 | 4 | 0 | 15:8 | 7 | 16 |
| 5 |
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FSV Frankfurt | 6 | 4 | 1 | 1 | 10:5 | 5 | 13 |
| 6 |
|
Erzgebirge Aue | 7 | 3 | 3 | 1 | 13:5 | 8 | 12 |
| 7 |
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TSV 1860 München | 7 | 3 | 2 | 2 | 10:6 | 4 | 11 |
| 8 |
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FC Ingolstadt 04 | 7 | 3 | 2 | 2 | 11:10 | 1 | 11 |
| 9 |
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VfR Aalen | 7 | 3 | 1 | 3 | 9:7 | 2 | 10 |
| 10 |
|
1. FC Union Berlin | 7 | 3 | 1 | 3 | 7:6 | 1 | 10 |
| 11 |
|
FC St. Pauli | 6 | 2 | 3 | 1 | 9:8 | 1 | 9 |
| 12 |
|
VfL Bochum | 8 | 2 | 3 | 3 | 11:11 | 0 | 9 |
| 13 |
|
SC Paderborn 07 | 6 | 2 | 2 | 2 | 11:7 | 4 | 8 |
| 14 |
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1. FC Köln | 7 | 1 | 5 | 1 | 7:7 | 0 | 8 |
| 15 |
|
SV Sandhausen | 7 | 2 | 2 | 3 | 7:12 | -5 | 8 |
| 16 |
|
Jahn Regensburg | 7 | 2 | 1 | 4 | 10:10 | 0 | 7 |
| 17 |
|
Dynamo Dresden | 7 | 2 | 1 | 4 | 8:12 | -4 | 7 |
| 18 |
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MSV Duisburg | 7 | 1 | 2 | 4 | 7:14 | -7 | 5 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga. |
