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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Eintracht Braunschweig | 14 | 9 | 2 | 3 | 16:4 | 12 | 29 |
| 2 |
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Hertha BSC | 14 | 7 | 4 | 3 | 18:10 | 8 | 25 |
| 3 |
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SC Paderborn 07 | 14 | 6 | 5 | 3 | 16:11 | 5 | 23 |
| 4 |
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Energie Cottbus | 14 | 5 | 7 | 2 | 11:7 | 4 | 22 |
| 5 |
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1. FC Kaiserslautern | 14 | 4 | 9 | 1 | 15:11 | 4 | 21 |
| 6 |
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VfL Bochum | 14 | 6 | 3 | 5 | 11:12 | -1 | 21 |
| 7 |
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FSV Frankfurt | 14 | 5 | 5 | 4 | 12:10 | 2 | 20 |
| 8 |
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VfR Aalen | 14 | 5 | 5 | 4 | 8:8 | 0 | 20 |
| 9 |
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FC Ingolstadt 04 | 14 | 5 | 4 | 5 | 13:11 | 2 | 19 |
| 10 |
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TSV 1860 München | 14 | 4 | 7 | 3 | 7:7 | 0 | 19 |
| 11 |
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FC St. Pauli | 14 | 4 | 6 | 4 | 10:9 | 1 | 18 |
| 12 |
|
Erzgebirge Aue | 14 | 5 | 3 | 6 | 10:11 | -1 | 18 |
| 13 |
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1. FC Köln | 14 | 4 | 5 | 5 | 10:10 | 0 | 17 |
| 14 |
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1. FC Union Berlin | 14 | 4 | 5 | 5 | 11:12 | -1 | 17 |
| 15 |
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MSV Duisburg | 14 | 4 | 5 | 5 | 7:13 | -6 | 17 |
| 16 |
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Jahn Regensburg | 14 | 4 | 2 | 8 | 9:16 | -7 | 14 |
| 17 |
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Dynamo Dresden | 14 | 1 | 5 | 8 | 5:14 | -9 | 8 |
| 18 |
|
SV Sandhausen | 14 | 1 | 4 | 9 | 5:18 | -13 | 7 |
| Aufstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Am 19.6. wurde endgültig entschieden, dass der MSV Duisburg keine Lizenz für die Zweitligasaison 2013/2014 erhält. Der sportlich abgestiegene SV Sandhausen bleibt damit eine weitere Saison in der 2. Bundesliga. |
