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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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FK Kareda Siauliai | 7 | 6 | 1 | 0 | 29:2 | 27 | 19 |
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FK Zalgiris | 7 | 6 | 1 | 0 | 29:2 | 27 | 19 | |
| 3 |
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Inkaras Kaunas | 8 | 5 | 1 | 2 | 15:6 | 9 | 16 |
| 4 |
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FK Ekranas | 8 | 4 | 3 | 1 | 16:6 | 10 | 15 |
| 5 |
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FBK Kaunas | 5 | 4 | 1 | 0 | 17:1 | 16 | 13 |
| 6 |
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FK Atlantas | 8 | 4 | 0 | 4 | 18:11 | 7 | 12 |
| 7 |
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FK Nevėžis | 7 | 3 | 1 | 3 | 4:7 | -3 | 10 |
| 8 |
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FK Žalgiris B | 7 | 3 | 0 | 4 | 6:20 | -14 | 9 |
| 9 |
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FK Banga Gargždai | 6 | 2 | 2 | 2 | 7:6 | 1 | 8 |
| 10 |
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Kauno Jegeriai | 7 | 2 | 1 | 4 | 8:14 | -6 | 7 |
| 11 |
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Lokomotyvas Kaunas | 7 | 2 | 0 | 5 | 3:6 | -3 | 6 |
| 12 |
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FK Dainava Alytus | 7 | 2 | 0 | 5 | 7:15 | -8 | 6 |
| 13 |
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Mastis Telšiai | 6 | 1 | 0 | 5 | 2:18 | -16 | 3 |
| 14 |
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FK Panerys | 0 | 0 | 0 | 0 | 0:0 | 0 | 0 |
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# Ekranas - Zalgiris (26.05.1999) wurde mit 0:0 zugunsten von Zalgiris gewertet, wobei Zalgiris die drei Punkte zugesporechen wurden (ursprünglich 1:0 für Ekranas) # Nach dem 6. Spieltag zog Panerys Vilnius sein Team zurück. Alle Partien wurden annulliert. # Nach dem 13. Spieltag zog Mastis Telsiai seine Mannschaft zurück. Alle bis dahin gespielten Partien behielten ihre Gültigkeit. |
