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| 10.04.1999 | 12:30 | Kauno Jegeriai | - | FK Dainava Alytus | 2:3 | |
| 14:00 | Inkaras Kaunas | - | Lokomotyvas Kaunas | 2:0 | ||
| 14:00 | FK Ekranas | - | FK Nevėžis | 2:2 | ||
| 14:00 | FK Atlantas | - | FBK Kaunas | 1:2 | ||
| 14:00 | FK Žalgiris B | - | FK Zalgiris | 0:10 | ||
| 11.04.1999 | 14:00 | FK Banga Gargždai | - | FK Kareda Siauliai | 1:2 |
| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
FK Zalgiris | 14 | 12 | 2 | 0 | 55:5 | 50 | 40 |
| 2 |
|
FBK Kaunas | 14 | 12 | 2 | 0 | 37:5 | 32 | 38 |
| 3 |
|
FK Kareda Siauliai | 14 | 11 | 3 | 0 | 44:6 | 38 | 36 |
| 4 |
|
FK Ekranas | 14 | 7 | 3 | 4 | 30:13 | 17 | 23 |
| 5 |
|
Inkaras Kaunas | 14 | 6 | 3 | 5 | 18:13 | 5 | 21 |
| 6 |
|
FK Atlantas | 14 | 6 | 2 | 6 | 22:19 | 3 | 20 |
| 7 |
|
FK Nevėžis | 14 | 5 | 2 | 7 | 12:24 | -12 | 17 |
| 8 |
|
FK Dainava Alytus | 14 | 5 | 0 | 9 | 15:37 | -22 | 15 |
| 9 |
|
FK Banga Gargždai | 14 | 3 | 3 | 8 | 9:21 | -12 | 12 |
|
Lokomotyvas Kaunas | 14 | 4 | 0 | 10 | 9:21 | -12 | 12 | |
| 11 |
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FK Žalgiris B | 14 | 4 | 0 | 10 | 10:41 | -31 | 12 |
| 12 |
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Kauno Jegeriai | 14 | 3 | 2 | 9 | 10:30 | -20 | 11 |
| 13 |
|
Mastis Telšiai | 12 | 1 | 0 | 11 | 4:40 | -36 | 3 |
| 14 |
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FK Panerys | 0 | 0 | 0 | 0 | 0:0 | 0 | 0 |
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# Ekranas - Zalgiris (26.05.1999) wurde mit 0:0 zugunsten von Zalgiris gewertet, wobei Zalgiris die drei Punkte zugesporechen wurden (ursprünglich 1:0 für Ekranas) # Nach dem 6. Spieltag zog Panerys Vilnius sein Team zurück. Alle Partien wurden annulliert. # Nach dem 13. Spieltag zog Mastis Telsiai seine Mannschaft zurück. Alle bis dahin gespielten Partien behielten ihre Gültigkeit. |
