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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Bayern München II | 23 | 14 | 5 | 4 | 26:7 | 19 | 47 |
| 2 |
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1. FC Schweinfurt 05 | 23 | 11 | 8 | 4 | 21:11 | 10 | 41 |
| 3 |
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VfB Eichstätt | 23 | 10 | 9 | 4 | 16:7 | 9 | 39 |
| 4 |
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1. FC Nürnberg II | 23 | 8 | 11 | 4 | 13:8 | 5 | 35 |
| 5 |
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FC Memmingen | 23 | 9 | 7 | 7 | 19:17 | 2 | 34 |
| 6 |
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SpVgg Bayreuth | 23 | 8 | 9 | 6 | 12:10 | 2 | 33 |
| 7 |
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SpVgg Greuther Fürth II | 23 | 8 | 8 | 7 | 16:13 | 3 | 32 |
| 8 |
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Wacker Burghausen | 23 | 8 | 7 | 8 | 15:13 | 2 | 31 |
| 9 |
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VfR Garching | 23 | 6 | 12 | 5 | 14:16 | -2 | 30 |
| 10 |
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FV Illertissen | 23 | 7 | 7 | 9 | 17:23 | -6 | 28 |
| 11 |
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FC Augsburg II | 23 | 7 | 6 | 10 | 14:17 | -3 | 27 |
| 12 |
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FC Ingolstadt 04 II | 23 | 7 | 6 | 10 | 12:17 | -5 | 27 |
| 13 |
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SV Heimstetten | 23 | 5 | 10 | 8 | 12:18 | -6 | 25 |
| 14 |
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FC Pipinsried | 23 | 7 | 4 | 12 | 14:24 | -10 | 25 |
| 15 |
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SV Schalding-Heining | 23 | 4 | 12 | 7 | 9:16 | -7 | 24 |
| 16 |
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TSV 1860 Rosenheim | 23 | 4 | 11 | 8 | 8:11 | -3 | 23 |
| 17 |
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Viktoria Aschaffenburg | 23 | 5 | 8 | 10 | 11:16 | -5 | 23 |
| 18 |
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TSV Buchbach | 23 | 3 | 12 | 8 | 9:14 | -5 | 21 |
| Playoffs | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Durch den Abstieg der Profimannschaft des FC Ingolstadt 04 in die 3. Liga wurde der FC Ingolstadt 04 II mit 0 Punkten an das Ende der Tabelle gesetzt. Die erspielten Ergebnisse behalten aber ihre Gültigkeit. Das Team lag am Ende der Saison eigentlich mit 45 Punkten auf dem neunten Tabellenplatz. |
