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| # | Mannschaft | Sp. | S. | U. | N. | Tore | Dif. | Pk. | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
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Bayern München II | 12 | 8 | 3 | 1 | 27:11 | 16 | 27 |
| 2 |
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1. FC Schweinfurt 05 | 11 | 7 | 3 | 1 | 24:8 | 16 | 24 |
| 3 |
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VfB Eichstätt | 12 | 7 | 3 | 2 | 24:15 | 9 | 24 |
| 4 |
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1. FC Nürnberg II | 12 | 6 | 3 | 3 | 21:12 | 9 | 21 |
| 5 |
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FC Ingolstadt 04 II | 12 | 6 | 2 | 4 | 16:13 | 3 | 20 |
| 6 |
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Wacker Burghausen | 11 | 5 | 2 | 4 | 14:13 | 1 | 17 |
| 7 |
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FC Memmingen | 11 | 4 | 4 | 3 | 18:16 | 2 | 16 |
| 8 |
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VfR Garching | 12 | 4 | 4 | 4 | 16:15 | 1 | 16 |
| 9 |
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TSV Buchbach | 11 | 4 | 3 | 4 | 19:17 | 2 | 15 |
| 10 |
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FV Illertissen | 12 | 4 | 3 | 5 | 19:22 | -3 | 15 |
| 11 |
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Viktoria Aschaffenburg | 11 | 4 | 2 | 5 | 15:17 | -2 | 14 |
| 12 |
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SpVgg Greuther Fürth II | 11 | 4 | 1 | 6 | 15:11 | 4 | 13 |
| 13 |
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SpVgg Bayreuth | 12 | 3 | 4 | 5 | 10:13 | -3 | 13 |
| 14 |
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FC Augsburg II | 11 | 3 | 3 | 5 | 12:15 | -3 | 12 |
| 15 |
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TSV 1860 Rosenheim | 11 | 2 | 4 | 5 | 12:19 | -7 | 10 |
| 16 |
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FC Pipinsried | 12 | 1 | 6 | 5 | 20:24 | -4 | 9 |
| 17 |
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SV Heimstetten | 11 | 2 | 3 | 6 | 14:24 | -10 | 9 |
| 18 |
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SV Schalding-Heining | 12 | 2 | 3 | 7 | 11:22 | -11 | 9 |
| Playoffs | |
| Relegation | |
| Abstieg |
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# Durch den Abstieg der Profimannschaft des FC Ingolstadt 04 in die 3. Liga wurde der FC Ingolstadt 04 II mit 0 Punkten an das Ende der Tabelle gesetzt. Die erspielten Ergebnisse behalten aber ihre Gültigkeit. Das Team lag am Ende der Saison eigentlich mit 45 Punkten auf dem neunten Tabellenplatz. |
