1. Runde
07.09.1988 VfB Stuttgart - Tatabanya Banyasz SC 2:0 (0:0)
Royal Antwerp FC - 1. FC Köln 2:4 (2:1)
Bayern München - Legia Warszawa 3:1 (2:0)
Bayer Leverkusen - Os Belenenses 0:1 (0:0)
AS Roma - 1. FC Nürnberg 1:2 (0:1)
FC Groningen - Atlético Madrid 1:0 (1:0)
FC Aarau - 1. FC Lok Leipzig 0:3 (0:0)
St Patrick's Athletic - Heart of Midlothian 0:2 (0:2)
Zalgiris Vilna - Austria Wien 2:0 (0:0)
Sporting CP - AFC Ajax 4:2 (3:1)
Real Sociedad - Dukla Praha 2:1 (1:1)
Union Luxembourg - RFC de Liège 1:7 (1:2)
Inter - IK Brage 2:1 (1:0)
ÍA Akranes - Újpesti Dózsa SC 0:0 (0:0)
Rangers FC - GKS Katowice 1:0 (0:0)
Aberdeen FC - Dynamo Dresden 0:0 (0:0)
Dnepr Dnepropetrovsk - Girondins Bordeaux 1:1 (0:1)
Östers IF - DAC Dunajská Streda 2:0 (0:0)
TPS Turku - Linfield FC 0:0 (0:0)
Molde FK - KSV Waregem 0:0 (0:0)
Malmö FF - Torpedo Moskva 2:0 (1:0)
First Vienna FC - Ikast FS 1:0 (1:0)
Oţelul Galaţi - Juventus 1:0 (0:0)
Velež Mostar - APOEL Nikosia 1:0 (1:0)
AEK Athen - Athletic Bilbao 1:0 (1:0)
Montpellier La Paillade SC - SL Benfica 0:3 (0:2)
Sliema Wanderers - Victoria Bucuresti 0:2 (0:1)
SSC Napoli - PAOK Saloniki 1:0 (0:0)
Partizan - Slavia Sofia 5:0 (2:0)
Servette Genève - Sturm Graz 1:0 (0:0)
Trakia Plovdiv - Dinamo Minsk 1:2 (0:1)
Beşiktaş - NK Dinamo Zagreb 1:0 (1:0)
05.10.1988 Tatabanya Banyasz SC - VfB Stuttgart 2:1 (0:0)
Legia Warszawa - Bayern München 3:7 (1:4)
Atlético Madrid - FC Groningen 2:1 (1:1)
1. FC Lok Leipzig - FC Aarau 4:0 (2:0)
Heart of Midlothian - St Patrick's Athletic 2:0 (1:0)
Austria Wien - Zalgiris Vilna 5:2 (4:1)
AFC Ajax - Sporting CP 1:2 (0:1)
Dukla Praha - Real Sociedad 3:2 (1:0)
RFC de Liège - Union Luxembourg 4:0 (2:0)
IK Brage - Inter 1:2 (1:1)
Újpesti Dózsa SC - ÍA Akranes 2:1 (1:0)
GKS Katowice - Rangers FC 2:4 (1:2)
Dynamo Dresden - Aberdeen FC 2:0 (1:0)
Girondins Bordeaux - Dnepr Dnepropetrovsk 2:1 (0:1)
DAC Dunajská Streda - Östers IF 6:0 (4:0)
Linfield FC - TPS Turku 1:1 (0:1)
KSV Waregem - Molde FK 5:1 (1:0)
Torpedo Moskva - Malmö FF 2:1 (1:0, 2:0) n.V.
Ikast FS - First Vienna FC 2:1 (0:1)
Juventus - Oţelul Galaţi 5:0 (3:0)
APOEL Nikosia - Velež Mostar 2:5 (1:1)
Athletic Bilbao - AEK Athen 2:0 (2:0)
SL Benfica - Montpellier La Paillade SC 3:1 (1:0)
Victoria Bucuresti - Sliema Wanderers 6:1 (5:0)
PAOK Saloniki - SSC Napoli 1:1 (0:1)
Slavia Sofia - Partizan 0:5 (0:0)
Sturm Graz - Servette Genève 0:0 (0:0)
Dinamo Minsk - Trakia Plovdiv 0:0 (0:0)
NK Dinamo Zagreb - Beşiktaş 2:0 (1:0)
12.10.1988 1. FC Köln - Royal Antwerp FC 2:1 (2:1)
Os Belenenses - Bayer Leverkusen 1:0 (0:0)
1. FC Nürnberg - AS Roma 1:3 (1:2, 1:2) n.V.
2. Runde
26.10.1988 Bayern München - DAC Dunajská Streda 3:1 (1:0)
1. FC Köln - Rangers FC 2:0 (0:0)
NK Dinamo Zagreb - VfB Stuttgart 1:3 (0:1)
Partizan - AS Roma 4:2 (2:1)
Velež Mostar - Os Belenenses 0:0 (0:0)
Sporting CP - Real Sociedad 1:2 (1:1)
Heart of Midlothian - Austria Wien 0:0 (0:0)
1. FC Lok Leipzig - SSC Napoli 1:1 (0:0)
Újpesti Dózsa SC - Girondins Bordeaux 0:1 (0:1)
Juventus - Athletic Bilbao 5:1 (3:1)
Dynamo Dresden - KSV Waregem 4:1 (3:0)
First Vienna FC - TPS Turku 2:1 (1:1)
Malmö FF - Inter 0:1 (0:0)
RFC de Liège - SL Benfica 2:1 (0:0)
FC Groningen - Servette Genève 2:0 (1:0)
Dinamo Minsk - Victoria Bucuresti 2:1 (1:0)
09.11.1988 DAC Dunajská Streda - Bayern München 0:2 (0:2)
Rangers FC - 1. FC Köln 1:1 (0:0)
VfB Stuttgart - NK Dinamo Zagreb 1:1 (0:0)
AS Roma - Partizan 2:0 (1:0)
Os Belenenses - Velež Mostar 3:4 (0:0, 0:0, 0:0) i.E.
Real Sociedad - Sporting CP 0:0 (0:0)
Austria Wien - Heart of Midlothian 0:1 (0:0)
SSC Napoli - 1. FC Lok Leipzig 2:0 (1:0)
Girondins Bordeaux - Újpesti Dózsa SC 1:0 (0:0)
Athletic Bilbao - Juventus 3:2 (0:1)
KSV Waregem - Dynamo Dresden 2:1 (1:0)
TPS Turku - First Vienna FC 1:0 (0:0)
Inter - Malmö FF 1:1 (1:0)
SL Benfica - RFC de Liège 1:1 (0:1)
Servette Genève - FC Groningen 1:1 (1:0)
Victoria Bucuresti - Dinamo Minsk 1:0 (0:0)
Achtelfinale
23.11.1988 Bayern München - Inter 0:2 (0:0)
Real Sociedad - 1. FC Köln 1:0 (0:0)
FC Groningen - VfB Stuttgart 1:3 (0:3)
Heart of Midlothian - Velež Mostar 3:0 (1:0)
Girondins Bordeaux - SSC Napoli 0:1 (0:1)
Dynamo Dresden - AS Roma 2:0 (1:0)
RFC de Liège - Juventus 0:1 (0:1)
Victoria Bucuresti - TPS Turku 1:0 (1:0)
07.12.1988 Inter - Bayern München 1:3 (1:3)
1. FC Köln - Real Sociedad 2:2 (2:1)
VfB Stuttgart - FC Groningen 2:0 (1:0)
Velež Mostar - Heart of Midlothian 2:1 (1:0)
SSC Napoli - Girondins Bordeaux 0:0 (0:0)
AS Roma - Dynamo Dresden 0:2 (0:0)
Juventus - RFC de Liège 1:0 (1:0)
TPS Turku - Victoria Bucuresti 3:2 (1:2)
Viertelfinale
28.02.1989 VfB Stuttgart - Real Sociedad 1:0 (1:0)
Heart of Midlothian - Bayern München 1:0 (0:0)
Juventus - SSC Napoli 2:0 (2:0)
Victoria Bucuresti - Dynamo Dresden 1:1 (0:1)
15.03.1989 Real Sociedad - VfB Stuttgart 2:4 (1:0, 1:0, 1:0) i.E.
Bayern München - Heart of Midlothian 2:0 (1:0)
SSC Napoli - Juventus 3:0 (2:0, 2:0) n.V.
Dynamo Dresden - Victoria Bucuresti 4:0 (0:0)
Halbfinale
05.04.1989 SSC Napoli - Bayern München 2:0 (1:0)
VfB Stuttgart - Dynamo Dresden 1:0 (0:0)
19.04.1989 Bayern München - SSC Napoli 2:2 (0:0)
Dynamo Dresden - VfB Stuttgart 1:1 (0:0)
Finale
03.05.1989 SSC Napoli - VfB Stuttgart 2:1 (0:1)
17.05.1989 VfB Stuttgart - SSC Napoli 3:3 (1:2)
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