H FK Aktobe - Dinamo Kiev 2:3 (1:1)
R Dinamo Kiev - FK Aktobe 5:1 (3:1)
H: 22.08.2013 15:00 R: 29.08.2013 18:00 Sieger: Dinamo Kiev
H Kuban Krasnodar - Feyenoord 1:0 (0:0)
R Feyenoord - Kuban Krasnodar 1:2 (1:1)
H: 22.08.2013 18:00 R: 29.08.2013 21:00 Sieger: Kuban Krasnodar
H FK Jablonec - Real Betis 1:2 (1:1)
R Real Betis - FK Jablonec 6:0 (2:0)
H: 22.08.2013 18:00 R: 29.08.2013 21:30 Sieger: Real Betis
H Qarabağ FK - Eintracht Frankfurt 0:2 (0:1)
R Eintracht Frankfurt - Qarabağ FK 2:1 (1:0)
H: 22.08.2013 18:00 R: 29.08.2013 20:30 Sieger: Eintracht Frankfurt
H Dinamo Tbilisi - Tottenham Hotspur 0:5 (0:2)
R Tottenham Hotspur - Dinamo Tbilisi 3:0 (2:0)
H: 22.08.2013 18:00 R: 29.08.2013 21:05 Sieger: Tottenham Hotspur
H Atromitos - AZ Alkmaar 1:3 (0:0)
R AZ Alkmaar - Atromitos 0:2 (0:0)
H: 22.08.2013 18:30 R: 30.08.2013 11:00 Sieger: AZ Alkmaar
H FK Minsk - Standard Liège 0:2 (0:0)
R Standard Liège - FK Minsk 3:1 (3:1)
H: 22.08.2013 18:30 R: 29.08.2013 20:30 Sieger: Standard Liège
H Maccabi Haifa - Astra Giurgiu 2:0 (1:0)
R Astra Giurgiu - Maccabi Haifa 1:1 (1:1)
H: 22.08.2013 18:30 R: 29.08.2013 18:00 Sieger: Maccabi Haifa
H Molde FK - Rubin Kazan 0:2 (0:1)
R Rubin Kazan - Molde FK 3:0 (1:0)
H: 22.08.2013 19:00 R: 29.08.2013 17:00 Sieger: Rubin Kazan
H RB Salzburg - VMFD Žalgiris 5:0 (3:0)
R VMFD Žalgiris - RB Salzburg 0:2 (0:0)
H: 22.08.2013 19:00 R: 29.08.2013 20:30 Sieger: RB Salzburg
H Esbjerg fB - AS Saint-Étienne 4:3 (1:2)
R AS Saint-Étienne - Esbjerg fB 0:1 (0:0)
H: 22.08.2013 19:00 R: 29.08.2013 19:00 Sieger: Esbjerg fB
H FC St.Gallen - Spartak Moskva 1:1 (0:1)
R Spartak Moskva - FC St.Gallen 2:4 (1:3)
H: 22.08.2013 19:00 R: 29.08.2013 17:00 Sieger: FC St.Gallen
H JK Nõmme Kalju - Dnipro Dnipropetrovsk 1:3 (0:2)
R Dnipro Dnipropetrovsk - JK Nõmme Kalju 2:0 (1:0)
H: 22.08.2013 19:00 R: 29.08.2013 20:30 Sieger: Dnipro Dnipropetrovsk
H FK Kukësi - Trabzonspor 0:2 (0:1)
R Trabzonspor - FK Kukësi 3:1 (1:1)
H: 22.08.2013 19:30 R: 29.08.2013 18:30 Sieger: Trabzonspor
H Apollon Limassol - OGC Nice 2:0 (0:0)
R OGC Nice - Apollon Limassol 1:0 (1:0)
H: 22.08.2013 20:00 R: 29.08.2013 20:00 Sieger: Apollon Limassol
H IF Elfsborg - FC Nordsjælland 1:1 (0:1)
R FC Nordsjælland - IF Elfsborg 0:1 (0:0)
H: 22.08.2013 20:00 R: 29.08.2013 18:00 Sieger: IF Elfsborg
H Tromsø IL - Beşiktaş 2:1 (0:1)
R Beşiktaş - Tromsø IL 2:0 (0:0)
H: 22.08.2013 20:00 R: 29.08.2013 19:30 Sieger: Beşiktaş
H Pandurii Târgu Jiu - Sporting Braga 0:1 (0:0)
R Sporting Braga - Pandurii Târgu Jiu 0:2 (0:1, 0:1) n.V.
H: 22.08.2013 20:00 R: 29.08.2013 21:30 Sieger: Pandurii Târgu Jiu
H FH Hafnarfjörður - KRC Genk 0:2 (0:1)
R KRC Genk - FH Hafnarfjörður 5:2 (1:1)
H: 22.08.2013 20:00 R: 29.08.2013 20:00 Sieger: KRC Genk
H Swansea City - Petrolul Ploieşti 5:1 (3:0)
R Petrolul Ploieşti - Swansea City 2:1 (0:0)
H: 22.08.2013 20:05 R: 29.08.2013 19:30 Sieger: Swansea City
H HNK Rijeka - VfB Stuttgart 2:1 (0:0)
R VfB Stuttgart - HNK Rijeka 2:2 (1:1)
H: 22.08.2013 20:30 R: 29.08.2013 18:00 Sieger: HNK Rijeka
H Vojvodina - FC Sheriff 1:1 (0:1)
R FC Sheriff - Vojvodina 2:1 (0:0)
H: 22.08.2013 20:30 R: 29.08.2013 19:00 Sieger: FC Sheriff
H Chernomorets Odessa - KF Skënderbeu 1:0 (0:0)
R KF Skënderbeu - Chernomorets Odessa 6:7 (1:0, 1:0, 1:0) i.E.
H: 22.08.2013 20:30 R: 29.08.2013 20:00 Sieger: Chernomorets Odessa
H Partizan - FC Thun 1:0 (0:0)
R FC Thun - Partizan 3:0 (1:0)
H: 22.08.2013 20:30 R: 29.08.2013 20:00 Sieger: FC Thun
H SV Zulte Waregem - APOEL Nikosia 1:1 (1:0)
R APOEL Nikosia - SV Zulte Waregem 1:2 (0:1)
H: 22.08.2013 20:45 R: 29.08.2013 19:00 Sieger: SV Zulte Waregem
H Udinese Calcio - Slovan Liberec 1:3 (1:1)
R Slovan Liberec - Udinese Calcio 1:1 (1:1)
H: 22.08.2013 20:45 R: 29.08.2013 19:00 Sieger: Slovan Liberec
H Grasshopper Club Zürich - ACF Fiorentina 1:2 (0:1)
R ACF Fiorentina - Grasshopper Club Zürich 0:1 (0:1)
H: 22.08.2013 21:00 R: 29.08.2013 21:00 Sieger: ACF Fiorentina
H Rapid Wien - Dila Gori 1:0 (1:0)
R Dila Gori - Rapid Wien 0:3 (0:1)
H: 22.08.2013 21:05 R: 29.08.2013 18:00 Sieger: Rapid Wien
H Sevilla FC - Śląsk Wrocław 4:1 (1:1)
R Śląsk Wrocław - Sevilla FC 0:5 (0:2)
H: 22.08.2013 21:30 R: 29.08.2013 20:45 Sieger: Sevilla FC
H GD Estoril - FC Pasching 2:0 (2:0)
R FC Pasching - GD Estoril 1:2 (0:1)
H: 22.08.2013 21:30 R: 29.08.2013 20:30 Sieger: GD Estoril

# Maccabi Tel-Aviv ist mit einem Freilos in die Gruppenphase der Europa League eingezogen, da der zugeloste Gegner PAOK Saloniki die wegen Spielmanipulation ausgeschlossene Mannschaft von Metalist Kharkov in den Playoffs zur Champions League ersetzt.

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